化学反应工程模块是为了研究包含了物质和能量运移的反应系统而量身定做的。从空间独立模型开始，模块中有专门的工具，用于实验室和台架规模典型控制条件下的动力学研究。为了对实际操作条件进行模拟，模型中考虑了空间变量对于化学物质成分和温度的影响。该模块面可用于包括分析仪器用传感器的设计、汽车尾气催化剂和过滤器系统的设计、消费品的研发和生产工业设计、以及精细和特种化学品、药品、和散装化学品的处理等领域。在COMSOL Multiphysics V4.0a中，化工模块和反应工程实验室已经被化学反应工程模块所替代。

应用领域：

• 分析化学和法医学
• 间歇式反应器，发酵槽和结晶器
• 生物化学和食品科学
• 催化燃烧及其改良
• 化学反应器尺寸及其优化
• 色谱和电泳
• 腐蚀
• 旋流器，分离器，洗涤器和沥滤装置
• 环境和大气化学
• 废气后处理和排放操纵装置
• 过滤和沉降
• 燃料电池和电池组
• 热交换器和混合器
• 均匀和非均匀两相流-乳状液，悬浮液，气泡柱和喷射
• 均匀和非均匀催化
• 工业化学与技术
• 化学反应器中的动力学模型
• 材料与固态化学
• 微流和芯片实验室设备
• 多组分传递和膜传递
• 填充床反应器
• 石油化工和催化裂解
• 药物合成
• 活塞流和管状反应器
• 聚合过程和非牛顿流体动力学
• 聚合动力学和制造
• 预燃室和内燃机
• 催化重整转化器
• 半导体制造和CVD
• 表面化学动力学和吸收

搅拌器：对两种不同的溶液进行混合

燃料电池堆：燃料电池堆流道中的压力分布和速度场模拟

流体流经微通道的流线和浓度分布，流体包含受交流电场影响的电解质

燃料电池：氧气和燃料的浓度分布情况模拟

多相流模拟：气泡从充满水的反应器的底部进入

污水处理装置

食品工程：热敏感物质的冷冻干燥过程模拟